Ich glaube, dass das ganze daren liegt, dass hier 2 Joomla-Instanzen in eine Ordner-Struktur gepackt wurden.
Sinnvoll wäre gewesen im Root-Verzeichnis für jedes Joomla eine eigenen Ordner anzulegen. Darin jeweils ein Joomla, möglichst mit eigener DB, installieren.
Die jeweils gewünschte Domain im Tool des Hosters auf den Ordner zeigen lassen.
Hierbei hätte ich dann eine Subdomain gewählt und nicht wie du einfach einen Ordner unterhalb der vorhandenen Domain.
Wie anka schon fragt, was steht in der .htacess, hat diese Auswirkungen auf alle Ordner und Unterordner. Insoweit kommen sich dann die beiden Joomlainstanzen in die Quere.