Grundsätzlich unterscheiden sich die .htaccess-Dateien von Server zu Server.
Hast du in der .htaccess ein RewriteBase /Unterverzeichnis/ drinstehen?
Grundsätzlich bin ich kein Freund von Tools, die die .htaccess ändern können. Die sollte man manuell erstellen. Als Vorlage kann man die htaccess.txt verwenden und dann noch seine individuellen Anpassungen machen.