Um welche Serveranweisungen in der .htaccess handelt es sich denn, was muss noch angepasst werden ?
Man kann in der .htaccess beispielsweise eine ohne-www zu mit-www-Weiterleitung einrichten oder auch http zu https. Wenn man dort seine Domain explizit angegeben hat, müsste man diese anpassen, wenn man auf eine neue Domain umzieht. Im Idealfall gibt man das aber domainunabhängig an.
Auch die PHP-Version kann man manchmal noch per .htaccess einstellen. Und bei manchen Hostern benötigt man beispielsweise zwingend den Eintrag RewriteBase / . Andere Einträge können hingegen zu Problemen führen und müssen als Kommentar gesetzt werden (also mit # davor), wie beispielsweise # Options +FollowSymLinks und der GZIP-Block, wenn bereits eine Komprimierung von css- und js beim Hoster vorgesehen ist.
Auch sollte man nach einem Umzug in der configuration.php noch mal die Pfadangaben für /tmp und /administrator/logs überprüfen. Wird durch Akeeba zwar im Prinzip eingestellt, eine Überprüfung schadet aber nicht.
Solche Dinge halt.