Wird vermutlich erstmal der sichere Weg sein, bevor ich jetzt die Hauptdatenbank lösche, neu hochlade und dann eventuell der große Knall kommt, richtig?
P.S. Die Datenbank löscht Du ja nicht, sondern wenn, dann nur die Inhalte (Tabellen) darin. Ich würde in deinem Fall die DB Exportieren, alle Dateien per FTP Kopieren, alles Aktualisieren und dann wieder auf den Server hochschieben. Somit gehst Du sicher, dass die Liveseite nicht abgschossen wird.