Aber auf längere Siche solltest du unbedingt darauf hinarbeiten, deine Content-Struktur so zu bauen dass kein Core Hack nötig ist.
Bei allen andere geht es ja auch.
Wie das so ist mit "alten" über die Jahre gewachsenen Projekte. Damals habe ich mit einer Modifikation beholfen das diese "schönen" URLs herauskommen. Bei jedem Joomla Update wurde das aber wieder durch die Joomla Vorgabedateien überschrieben. So musste ich immer wieder die Modifikation vornehmen und die "schönen" URLs zu erhalten. Mit Joomla 3.8 ist dies als Feature implementiert worden und so dachte ich ja, dass ich keine Modifikation mehr benötige. Allerdings hat es sich wie im ersten Post beschrieben nicht so verhalten wie ich es angenommen habe.
Eine Lösung ist gefunden. 
In der Facebook Gruppe hatte jemand den richtigen Ansatz, mit welchem ich das nun auflösen konnte:
Die Ursache für das Verhalten ist mein verwendeter Menüeintrag-Typ. Vorweg gilt es zu sagen, dass ich eine Kategorie "A" mit Unterkategorien X,Y,Z habe. Als MenüTyp habe ich für die Anzeige der Beiträge den Typ "Hauptbeiträge" gewählt. Da alle Einträge dieser Kategorie samt Unterkategorien Hauptbeiträge sind hat das bisher auch wunderbar funktioniert. Weitere Menüpunkte zu den Beiträgen hatte ich nicht. Mit dem neuen Routing in Joomla 3.8 hat sich hier wohl was verändert.
Die Lösung bei mir sieht nun wie folgt aus:
Neuen Menüeintrag des Typs "Kategorieblog" angelegt und auf die Kategorie A verwiesen sowie diesen Menüpunkt auf "Hidden" gesetzt. Das macht man im Register Einstellungen für Menülinks unter Punkt "Display im Menu". Nun kann Joomla die URL ohne Zahlen auflösen. Durch das Hidden ist der Menüpunkt nicht sichtbar, aber funktional. Zwar musste ich mir noch eine weitere Kategorie als Überkategorie von A setzten, doch so klappt es jetzt.
Da ich in den Unterkategorie X,Y und Z wenig Beiträge habe, werde ich aber in der Tat die Content-Struktur überarbeiten und die wenigen Seiten durch 301 Umleitungen "umziehen", dann ist bald wieder Ordnung.
An dieser Stelle ein DANKE SCHÖN an alle die hier mit ihren Ideen und Gedanken mich unterstützt haben.
Im übrigen ist es auch egal welchen Wert ich bei "IDs aus URL entfernen" setzte, es ist immer das selbe Ergbnis. Cache habe ich auch schon mal gelöscht.