Du könntest natürlich noch das Joomla als Backup, das du hoffentlich gezogen hast, mit einer älteren Version vergleichen, also ob Dateien hinzugekommmen sind oder Datei-Inhalte abweichen, wozu es ja Tools gibt.
PHP hat Zugriff auf Datei-Funktionen und oft auch auf Shell-Befehle. Du könntest z.B. nach Datei-Funktionen wie "touch" suchen, vielleicht ist es ja eine Dritterweiterung oder du hast versehendlich selbst mit einem FTP-Client das Datum geändert, wer weiß.