Hab ich hin und wieder auch schon mal gesehen, meist bei Seiten, die von 1.5, 2.5 mit irgendwelchen Migrationstools auf 3 geupdatet wurden, was auch ewig zurückliegen kann.
Probier mal den "Wiederherstellen"-Button im Menüs-Bereich.
Dann neu sortieren, auch mal die Menüpunkte drum rum verschieben und wieder zurück, damit das "Ordering" neu geschrieben wird.
Wenn du die Menüliste im Backend nach sortieren neu lädst, ist dann auch wieder falsch? Oder nur Frontend?
Wenn du ein weiteres Navigations-Modul an anderer Modulposition anzeigen lässt, das andere währenddessen deaktivieren(!), ist das auch falsch sortiert?
Wenns dann auch im Protostar-Template, also ohne mod_menu-Overrides falsch ist, ist mutmaßlich die Menu-Tabelle durcheinandergekommen. Gelegentlich hilft ein Verschieben der Menüeinträge in ein temporäres Menü, rumspielen und wieder zurück. Gelegentlich ein Kopieren (lästig, da man neue Menü-Ids bekommt).