Moin Clemens,
ich hänge mich hier mal als Hobby SEO-Loge mit rein.
Was Google betrifft, Google frisst ALLES! Ab dem Tag, wo Du deine URL online stellst, frisst Google alles was hinter dieser angehängt wird. Ob Du das möchtest oder nicht. Egal mit welchem Tool Du deine Seite analysierst, ob Du Sitemap's löscht und wieder einstellst, oder diese umbenennst, all das ist Schlangenöl.
Es wird keine zwei Wochen dauern und deine nicht gewünschten URL's, egal wie sie generiert wurden, sind wieder da und werden natürlich auch dein Ranking beeinflussen.
Du hast jedoch die Möglichkeit mit einer "robots.txt" einiges zu richten. Jedoch gilt auch hier, Google verzeit über Jahre hinweg keine Fehler welche davor gemacht wurden.
Ich persönlich rate auch von diversen SEO-Tools ab, welche schlimmstenfalls nicht gewollte URL's auf gewünschte aktuelle umleiten. Hier ist das Desaster lediglich nach hinten verschoben.
Joomla selbst bringt meiner Meinung nach alles mit, um saubere URL's zu schreiben. Hier ist es nun ganz wichtig, sich genauestens mit den SEO-Einstellungen in der Konfiguration zu beschäftigen, bevor man seine Seite online stellt.
Nun braucht man noch eine vernünftige Sitemap-Komponente mit welcher man seine Sitemap's in die GSC einreicht.
Ab dann heißt es warten, warten, warten und nochmals warten. Mehr kannst Du zumal Google selbst in geweissen abständen seine Algorithmen ändert, nicht machen.
Beste Grüße
der Faro