Hallo, ist zwar schon etwas her, aber vielleicht nützt es jemanden:
In meinem Fall war der Joomla-Cache aktiviert (Erweiterter Cache AN, Plattformspezifscher Cache AN, ebenso das Cache Plugin aktiviert). Irgendwann war das Template der Seite zerschossen uns sah genauso aus, wie im Bild des TS.
Ursache war, dass der Page-Cache auf über 65000 Dateien angeschwollen ist, mehrere hundert MB groß war und der Speicherplatz des Webspaces vollgeschrieben wurde (1000MB), so dass irgendwann der Platz komplett voll war und nichts mehr ging.
Cache deaktiviert, "cache\pages" -Ordner manuell gelöscht (mehrere Stunden per ftp), jetzt funktioniert es wieder.