Ich habe das Problem 1 gerade nochmal mit einer frisch installierten Joomla 3.9 Instanz auf einem anderen Hoster nachgestellt - das Problem ist das gleiche.
Im Action Log kann ich sehen, dass der Benutzer das Konto aktiviert hat (Klick auf Link in der Aktivieriungsmail).
Aber der Status in der Benutzerverwaltung im Backend ändert sich nicht, dieser bleibt auf "nicht aktiviert".
Scheint also ein Bug zu sein.
Auch das Problem 2 besteht bei der frisch installierten Instanz, scheint also wohl ebenfalls ein Bug zu sein.
Die Email, dass der Account aktiviert wurde wird tatsächlich NUR versendet, wenn man die Aktivierung über den Link in der Email vornimmt.
Aktiviert man den Benutzer im Backend, wird keine Email versendet. Echt doof.
Das von Dir verlinkte Tool, Sieger66, schaue ich mir gerne mal an. Danke.