Von neu machen war auch nicht die Rede. Warum lädst du dir nicht einfach das Original-Joomla-ZIP herunter und vergleichst die Dateien und Verzeichnisse im /html-Ordner? Was im Original auch enthalten ist, lässt du unverändert und brauchst auch nicht mehr zu beachten.
Aus deiner Antwort lese ich auch heraus, dass es sich nicht um eine Kopie des Templates Beez3 handelt (wie empfohlen), sondern dass mit dem Original gearbeitet wurde. Sonst bräuchtest du ja nur das Original-Beez3 als Standard-Template einstellen, oder?
Alles habe ich übrigens bereits im ersten Beitrag geschrieben. Ich vermute, dass du nach Overrides suchst, die es gar nicht gibt, zumindest keine eigenen.