Du musst die .htaccess bearbeiten, sofern du überhaupt eine verwendest! Diese liegt im Joomla-Root-Verzeichnis, also dort , wo auch die htaccess.txt liegt.
Die htaccess.txt ist lediglich eine Textdatei, die keine Beachtung findet. Die .htaccess hingegen wird vom Server abgearbeitet.
Die htaccess.txt wird durch Joomla-Updates automatisch korrigiert. Die .htaccess halt nicht, da man diese je nach Bedarf immer händisch anlegt. Deshalb muss man die selber nachkorrigieren. Und deshalb auch der Hinweis bei den Nachinstallationshinweisen.
Nebenbei: Eine .htaccess wirkt sich im Gegensatz zu php.ini-Dateien auch auf Unterverzeichnisse aus und kann dadurch Einfluss auf darunterliegende Projekte nehmen. Deshalb empfiehlt sich immer, Projekte parallel zu installieren.