Keine Sorge, Joomla überschreibt bei Updates nicht eine user.css oder custom.css, so wie dies bisher geregelt ist. Du kannst aber auch ein Template kopieren und die template.css und alles in der Kopie ändern. Die Kopie bleibt von Updates unberührt.
Wenn CSS geladen wird, ist es sofort aktiv und wirkt sich aus. Wenn die Datei - also z.B. die user.css - geladen wird, wird darin auch alles, wenn da kein böser Fehler drin ist, auch ausgeführt. Blockieren und Übergeordnet gibt es nicht beim CSS sondern nur Gewichtung: Stärkere Regeln setzen sich gegen schwächere Regeln durch, bei gleichrangigen Regeln gewinnt die zuerst ausgeführte.
Tags gehören nur zum HTML und umranden Inhalte. Das hat nichts mit PHP und auch nichts mit CSS zu tun und ist noch älter, da sollte man die Tags auch belassen.
selfHTML, selfCSS und selfPHP sind gerade für den Einstieg sehr interessant und weniger dieses Forum.