Überschrieben soll im Idealfall im Template nur der View werden (die Ausgabe ohne oder fast ohne eigene Logik), auch wenn hier viel nachholen kann.
Alle Templates in Joomla können Overrides haben, auch Backend Templates wie das Isis.
Anzuraten ist, sich erst eine Kopie des Templates zu erzeugen, um Aktualisierungen am Template auf eigenen Änderungen zu vermeiden.
Joomla macht das Überschreiben von Komponenten- und Modul-Layouts ("Templates") automatisch
Mit requires_once können auch in Joomla PHP Dateien jeder Art hart überschrieben werden, was bei Aktualisierungin diese Dateien natürlich zu Probleme führen wird.