Das hat auch den Vorteil, dass die Backups nicht unnötig größer werden, da dann die Backups nicht im Backup enthalten sind.
Der eingetragene Backup-Ordner wird per se bei weiteren Backups ausgeschlossen (weshalb es auch blöd wäre, einen Joomla-Core-Ordner und nicht einen eigenen Unterordner daraus zu nehmen, wenn man wechselt). Backups blähen sich also nicht auf.
Verwendet man parallel Easy Joomla Backup, muss man halt in beiden Erweiterungen einen Ausschlussfilter eintragen, damit sie sich nicht gegenseitig aufblähen.
In akeeba ist das simpel, beliebige Ordner und Dateien auszuschließen. In der FREE von EJB bisschen Fieselei, wenns viele sein sollen und nicht nur die com_akeeba.
Außerdem haben alle Archivdateien einen wirren Zufalls-String hinten dran hängen. Also selbst, wenn die htaccess fehlt und der Ordner/Server nun nicht gerade so (dämlich) eingestellt ist, dass man die Datei-Liste im Browser einsehen kann, ist es kaum möglich, die Datei per Browser herunter zu laden, weil man den Dateinamen nicht rausbekommt. Auch, weil er einen Stunden-Minuten-Sekunden-String enthält. Wenn man jetzt auch noch "Backup archive name" etwas sinnvoller gestaltet als er im Standard ist, na ja usw....
Man muss schon auf einem extrem sch.... eingestellten Server sein, damit da Gefahr besteht.